司法机关在认识和处理黑社会性质组织犯罪时，在司法理念上存在诸多的差异性，体现了明显的部门性特征。而这些差异性又表现出明显的非司法理性，对黑社会性质组织犯罪的认定和处理产生较大的影响。一方面我国的司法机关之间在司法理念上存在相当的横向差异，这决定着他们在办理涉“黑”案件时呈现不同的策略和工作方式方法；同时，司法理念在不同时期也呈现了不同的纵向差异，对黑社会性质组织犯罪在司法实践中的影响甚大。
（一）现代司法理念对黑社会性质组织犯罪的影响
现代司法理念对黑社会性质组织犯罪的影响主要表现在两个方面：
1、功利性
改革开放以来，我国公安机关组织开展了数次声势浩大的“严打”斗争和“打黑除恶”专项整治斗争等“运动式”执法行动，一旦抓获主要犯罪嫌疑人或破获黑恶势力案件，马上召开“公捕”性质的大会，更有甚者，往往会直接定性为黑社会性质犯罪，并通过新闻媒介的宣传报道扩大声势，在社会上造成先入为主的态势，至于此类犯罪案件是否会以黑社会性质犯罪案件提起公诉或定罪量刑，倒不是他们思量的范畴，此举给法院的审理带来诸多的困难和压力。这种“运动式”执法方式越来越遭到人们质疑。“运动式”执法易于产生顾此失彼的执法效果，当司法机关在对某一类违法犯罪活动进行专项整治时，使得其他类型的违法犯罪活动利用执法的“空隙”而可能得以“蓬勃”发展。
从一定意义上说，黑社会性质组织犯罪之所以在当前中国的一些地方已经发展到了相当大的规模与程度，与近些年一些地方的司法机关专注于其他类型的违法犯罪专项打击，而未能及时有效地依法查处黑社会性质的组织犯罪有着很大关系，以致“养痈遗患”，小恶成大害。另一方面，“运动式”执法易于产生矫枉过正的不公执法效果。在以“运动式”的执法方式集中执行某个专项斗争时，为了形成对社会上不法分子的震慑力，或者出于政治宣传上的考虑，或者在不甘落后的攀比心态下，一些地方的司法机关很容易将某些具有较大危害的一般团伙犯罪通过违法犯罪事实的“堆积”而“拔高”成黑社会性质的组织犯罪，从而可能使违法犯罪分子受到过重过苛的司法认定与惩处，因而受到不公正法律制裁。
检察机关在办理黑社会性质案件时，也难以摆脱功利性的污染。一方面，检察机关要配合公安机关进行所谓的“公捕”活动，对公安机关所提请的逮捕请示进行审查和决定。由于检察机关的双重领导的特性，造成其在办理批准逮捕等程序性的行为时，往往更多地包含政治性因素，使审查活动更容易流于形式。有的检察机关更是提前介入公安案件侦查的全过程，对公安机关程序或实体方面的瞝眦往往是视而不见或见而不举，进而丧失其作为法律监督机关的职能和作用。另一方面，检察机关在案件审查起诉后又要向法院提起公诉，并希望法院以其起诉的罪名为嫌疑人定罪量刑。而法院定罪量刑是以事实和法律为依据，更多的是审查认定证据，消除瞝眦，使检察机关处于比较被动的状况。
2、政治性
政法委作为领导、监督和协调政法各部门的特殊机关，在裁判终审前对个案的领导、监督和协调，必然会对个案的处理中植入政治因素，而至于介入和影响的程度，又往往取决于其领导人的个人领导素质、领导艺术和方式的选择。“政治委的作用不仅在于对一个地区的宏观司法领导，而且也在于对某些个案的直接干涉。”政法委对黑社会性质犯罪案件查审的介入，必然会植入政治因素，甚至扰乱法律的基本程序和原则，出现黑社会性质犯罪审理的政治化倾向。因为政治性并非归属于司法性质，这对司法来说是一个危险的信号，表明法律不再是裁判的惟一依据，造成相当一部份涉“黑”案件无法“黑”下去，即难以以黑社会性质犯罪定罪量刑；另一部份非“黑”案件而“黑”下去，即以黑社会性质犯罪定罪量刑，违背了我国刑法典确立的罪刑法定、罪刑相适应的基本原则。
（二）影响的消弥
一是司法机关加强配合。要提高“打黑”的效率和效果，要求司法机关要加强现代司法理念的培养并与时俱进，吸收现代司法理念的精髓，进一步统一思想，更新观念，加强沟通，统一认识，尽可能地消除原则性问题的分歧。通过司法机关联合定期举办由业务骨干参加的研讨会，就刑法中涉黑犯罪的理解和适用、国内黑社会性质组织犯罪疑难案例进行研究，求同存异，达成共识，方能充分发挥打“黑”的集团效应。
二是加强司法独立的进程。随着实现司法独立呼声的提高，虽然党政机关直接干预司法的情况逐渐减少，然而，从错案追究到个案监督，实际上，对司法的制约和监督变本加厉。从长远来看，这些制度在约束法院和法官、避免其滥用权力的同时，也束缚了其独立发展和行使司法权的合理空间，增加了“合法”干预司法的可能性和渠道，阻碍了司法独立的成长，因而恰似饮鸩止渴之举。这就要求从政治和司法体制上进一步改革和完善，最大限度地消除对司法独立的影响。
三是完善打“黑”机制。在我国已经确立了“依法治国”方略的今天，特别是在已经加入了wto的今天，国家执法机关尤其是司法机关应当坚定地确立起按照法律办事，遵从规则行为的观念，而不应当再沿用过去那种“运动式”的执法方式。因为靠针对“毒瘤”或“怪胎”的手术切割式的短效打击从要本上讲是头痛医头、脚痛医脚应对性的、被动性的解决问题方式。这种应急性的打击措施虽然能使黑社会性质犯罪暂时收敛，但过一段时间后又恢复原状，甚至变本加厉。单纯依靠这种手段很难解决黑社会性质犯罪问题。要解决黑社会性质犯罪问题，就必须把强调短期效果的“打黑”专项斗争与注重长效的社会治安综合治理结合起来，既要从现象上解决黑社会性质犯罪问题，也要从根本上防治黑社会性质犯罪的发生。
